In de periode voor de hervorming was de kerk ingericht volgens de rooms-katholieke traditie. Daarna kreeg de Sint Jacobskerk een andere indeling en versiering. Rondom de preekstoel was de dooptuin gebouwd; een lage omheining waarbinnen de doopvont zich bevond.(De doopvont bestaat uit een zilveren doopbekken, dat wordt geplaatst in de koperen doopbekkenhouder die aan de voet van de preekstoel is bevestigd. De versieringen zijn 18e eeuws, in de zg. Louis XVI-stijl. Aan de binnenkant prijkt het wapen van Cornelis Lampsins. Op 6 september 1788 werd het doopbekken door Jan Apolonius Cornelis Lampsins, baljuw der stad Vlissingen, aan de kerk ten geschenke gegeven.)
Tevens stonden in de dooptuin de banken voor de ouderlingen. Buiten deze afscheiding stond in de eerste decennia eigenlijk heel weinig. Alleen tegen de wanden of pilaren waren voor gezagsdragers herenbanken geplaatst. Men stond of zat rondom de dooptuin. Twee openingen vormden de toegang tot deze dooptuin, welke versierd waren met koperen doopbogen, vervaardigd in 1655 en 1656. Na de brand van 1911 zijn de doopbogen in het koorhek aangebracht ter afsluiting van het verhoogde deel van het koor.
In het doophek bevond zich de koperen lezenaar uit 1652. Ook op de preekstoel is een koperen lezenaar uit het begin der 18e eeuw aanwezig.