In de periode 1953-1954 werd de kerk hersteld van de schade als gevolg van de oorlog 1940-1945 en van de watersnoodramp van 1953. In de jaren 1997-1998 werd het gebouw geheel gerestaureerd en werd het interieur opnieuw ingericht, waarmee de kerk ook voor andere doeleinden dan uitsluitend erediensten geschikt werd. Op een van de pilaren aan de linkerhand was voor de brand het peil aangegeven, dat het water in de kerk bereikte bij de vloeden van 1808 en 1825. Thans kan men aan sommige pilaren nog de inwerking van het zoute zeewater zien, dat op 1 februari 1953 in de kerk een hoogte bereikte van ongeveer 1.90 meter.

In 1572 werd, na de bevrijding van Vlissingen, de kerk ingericht voor de hervormde eredienst. De eerste dienst vond plaats op 28 september 1572. De Engelse bezetting (1585 - 1616) en het verblijf van vele Britse koop- en zeelieden deden in Vlissingen een Engelse Presbyteriaanse gemeente ontstaan, waaraan het noorderdwarspand van de Sint Jacobskerk werd afgestaan. Een muur scheidde deze Engelse kerk van de overige kerkruimte af.

Een monumentale poort voor de gevel van het Noordertransept aan de Oude Markt vormde de ingang van de Engelse kerk. Deze situatie bleef bestaan tot de brand van 1911. Daarna (1914) werd een kerkgebouw gesticht aan de Paul Krugerstraat. In 1964 werd dit ronde kerkje afgebroken ten behoeve van de bouw van het nieuwe stadhuis. De eerdergenoemde ingangspoort vormt nu de toegang tot het kerkkantoor en het koor van de kerk aan de Branderijstraat.