Interieur

In de periode voor de hervorming was de kerk ingericht volgens de rooms-katholieke traditie. Daarna kreeg de Sint Jacobskerk een andere indeling en versiering. Rondom de preekstoel was de dooptuin gebouwd; een lage omheining waarbinnen de doopvont zich bevond.

Het recht om in de eigen kerk begraven te worden was na de hervorming aan de calvinisten voorbehouden. Dat recht was belangrijk, omdat het grote inkomsten opleverde. Ooit had de kerk 446 grafkelders waarvan de meeste met een zerk waren afgedekt. Na de brand van 1911, waarbij veel grafzerken verbrijzeld werden, zijn er uiteindelijk een twintigtal “ter versiering” in de kerk teruggelegd. Wie meer kon betalen liet aan de wand bij het graf een epitaaf of rouwbord aanbrengen. Een epitaaf is een gedenksteen met aanvullende informatie.De kerk heeft nooit meer dan twee epitafen, één gedenksteen en ruim tachtig rouwborden gehad. Thans is er nog één epitaaf, acht rouwborden en één grafmonument aanwezig. Van recenter datum zijn de gildeborden en de predikantenborden.

In 2007 was het 400 jaar geleden dat Michiel Adriaenszoon de Ruyter in Vlissingen werd geboren. Bij velen zal het standbeeld op het Keizersbolwerk bekend zijn. Het ‘De Ruyterraam’ in de Sint Jacobskerk, waar De Ruyter werd gedoopt, is minder bekend, maar mag zeker niet worden vergeten. In 1966 is er een groot gedenkraam geplaatst, ter herinnering aan Michiel de Ruyter, die in deze kerk werd gedoopt en er menigmaal heeft vertoefd. Het raam is ontworpen door de in 1965 overleden glazenier P.A.H. Hofman en door diens medewerker W.L. Wagemans voltooid. Het raam bevindt zich in de noorderbeuk, naast de toren. In 1957 is bij gelegenheid van de 350-jarige viering van de geboorte van de Nederlandse vlootvoogd Michiel Adriaenszoon de Ruyter in Vlissingen het denkbeeld gerezen in de Sint Jacobskerk, waarin De Ruyter is gedoopt en in het huwelijk trad, een gebrandschilderd raam te laten aanbrengen. Het moest gewijd worden aan De Ruyter en de voornaamste gebeurtenissen uit zijn leven. Er werd een plaatselijk comité opgericht dat steun kreeg van een nationaal ere-comité en een comité van aanbeveling. In december 1962 kreeg de beroemde Haagse glazenier Pieter A.H. Hofman opdracht voor het ontwerpen van het raam. Hij begon in 1963 aan het 12,5 x 4 meter hoge raam. Hij overleed echter op 10 juli 1965 waardoor zijn medewerker W.L. Wagemans het werk moest voortzetten. Het raam werd op 18 juni 1966 door A. van Es, staatssecretaris van marine, onthuld. Het comité droeg het raam vervolgens over aan de kerkvoogdij van de Nederlands Hervormde Gemeente, de eigenaar van het kerkgebouw.

De doopvont bestaat uit een zilveren doopbekken, dat wordt geplaatst in de koperen doopbekkenhouder die aan de voet van de preekstoel is bevestigd. De versieringen zijn 18e eeuws, in de zg. Louis XVI-stijl. Aan de binnenkant prijkt het wapen van Cornelis Lampsins. Op 6 september 1788 werd het doopbekken door Jan Apolonius Cornelis Lampsins, baljuw der stad Vlissingen, aan de kerk ten geschenke gegeven.

Tevens stonden in de dooptuin de banken voor de ouderlingen. Buiten deze afscheiding stond in de eerste decennia eigenlijk heel weinig. Alleen tegen de wanden of pilaren waren voor gezagsdragers herenbanken geplaatst. Men stond of zat rondom de dooptuin. Twee openingen vormden de toegang tot deze dooptuin, welke versierd waren met koperen doopbogen, vervaardigd in 1655 en 1656.

Na de brand van 1911 zijn de doopbogen in het koorhek aangebracht ter afsluiting van het verhoogde deel van het koor. In het doophek bevond zich de koperen lezenaar uit 1652. Ook op de preekstoel is een koperen lezenaar uit het begin der 18e eeuw aanwezig.